# 简介
ASE (Atomic Simulation Environment) 是一个基于 Python 的原子模拟环境,用来设置、控制和分析原子模拟,具体的功能包括原子系统总能量计算和分子动力学模拟。
# 安装
ASE 直接采用 conda 或者 pip 安装即可,安装命令如下:
conda install ase |
ASE 所需要的依赖包括 NumPy
, SciPy
, Matplotlib
. 此外还可以安装 pytest
进行简单的测试。
安装好上述必需依赖和 pytest
之后,可以进行环境测试
ase test |
# 基本数据结构
# 基本功能
# 输入和输出
ASE 的输入和输出定义于 ase.io
模块中。其可以识别的格式包括各种主流计算化学软件如 LAMMPS, VASP 等产生的文件格式,以及 CIF 等晶体结构格式。
下面是一个简单的例子,读取 VASP 的 OUTCAR
输出作为程序的输入:
from ase import io | |
atoms = io.read('OUTCAR') |
# Reference
- ASE documentation