# 简介

ASE (Atomic Simulation Environment) 是一个基于 Python 的原子模拟环境,用来设置、控制和分析原子模拟,具体的功能包括原子系统总能量计算和分子动力学模拟。

# 安装

ASE 直接采用 conda 或者 pip 安装即可,安装命令如下:

conda install ase

ASE 所需要的依赖包括 NumPy , SciPy , Matplotlib . 此外还可以安装 pytest 进行简单的测试。

安装好上述必需依赖和 pytest 之后,可以进行环境测试

ase test

# 基本数据结构

# 基本功能

# 输入和输出

ASE 的输入和输出定义于 ase.io 模块中。其可以识别的格式包括各种主流计算化学软件如 LAMMPS, VASP 等产生的文件格式,以及 CIF 等晶体结构格式。

下面是一个简单的例子,读取 VASP 的 OUTCAR 输出作为程序的输入:

from ase import io
atoms = io.read('OUTCAR')

# Reference

  • ASE documentation